史前時期
由化石及使用工具顯示直立人約在150萬至3.5萬年前生活于印度尼西亞群島。稱之為爪哇猿人。智人約于4.5萬年前進入該地區(qū)。于2011年在鄰國東帝汶發(fā)現(xiàn)遺跡，推測在4.2萬年前當?shù)鼐用窦坝懈叱暮胶＜夹g(shù);由于發(fā)現(xiàn)捕捉及食用大量深海魚如鮪魚，可能具備跨海至澳大利亞或其他島嶼的技術(shù)。
南島民族由臺灣移居?xùn)|南亞，約于公元前2000年移入印度尼西亞，構(gòu)成現(xiàn)代多數(shù)印度尼西亞人，且遍布于群島，局限了美拉尼西亞人分布范圍，美拉尼西亞人僅分布在印度尼西亞東部。最早于西元前八世紀具備理想的農(nóng)業(yè)環(huán)境及掌握水田種稻，促使村莊、城鎮(zhèn)、及小型王國于西元1世紀興起。印度尼西亞航道的戰(zhàn)略重要性促進了島嶼間及國際貿(mào)易，包括于公元前數(shù)世紀時即建立與印度及中國間的貿(mào)易關(guān)系，貿(mào)易也在印度尼西亞歷史上具有重要地位。
古代社會
雕刻于婆羅浮屠上的婆羅浮屠船，完成于西元800年。印度尼西亞舷外支架最早可能于1世紀起即遠達非洲東岸進行貿(mào)易。早在前2世紀后半期，在印度尼西亞群島出現(xiàn)了最早的國家葉調(diào)[1] 。由于農(nóng)業(yè)社會發(fā)展，于3-7世紀，印度尼西亞境內(nèi)出現(xiàn)多小王國和部落，如達魯曼、訶陵和古泰等。這些古老王國與中國、印度甚至希臘間有貿(mào)易往來。在此時期，印度教已傳入印度尼西亞某些地區(qū)。
7-11世紀，海上商業(yè)帝國室利佛逝由于貿(mào)易而興盛，而貿(mào)易也帶入印度教及佛教;于8-9世紀，阿拉伯人幾乎取代了印度的商業(yè)勢力。馬打蘭王國于達瑪旺沙(Dharmavamsa)在位期間曾對室利佛逝發(fā)動戰(zhàn)爭，而后室利佛逝對馬打蘭王國發(fā)動反擊。印度注輦王朝崛起，因貿(mào)易上與室利佛逝利益沖突加劇而在11世紀初襲擊室利佛逝，使室利佛逝逐步?jīng)]落，至13世紀更面臨湄南河流域素可泰王國及東爪哇信訶沙里的挑戰(zhàn)，最后室利佛逝于14世紀末亡于滿者伯夷。8-10世紀間，爪哇島上的農(nóng)業(yè)佛教國夏連特拉王國及印度教國馬打蘭王國在此期間歷經(jīng)繁盛至沒落，留下了雄偉的遺跡如夏連特拉的婆羅浮屠及馬打蘭的巴蘭班南，13世紀末14世紀初，印度尼西亞歷史上的大帝國滿者伯夷在東爪哇建立，至加查·瑪達(Gajah Mada)統(tǒng)治時期，采行擴張政策，版圖包含現(xiàn)今大多數(shù)印度尼西亞及部分馬來西亞地區(qū)。鄭和下西洋曾經(jīng)過印度尼西亞，并在馬六甲有外交活動。
雖然穆斯林商人于伊斯蘭時代初期即抵達東南亞，但跡象顯示穆斯林最早于13世紀居住于蘇門答臘北部，印度尼西亞其他地區(qū)逐步采行伊斯蘭教，伊斯蘭教在爪哇及蘇門答臘地區(qū)至16世紀末才成為優(yōu)勢宗教。伊斯蘭教通常與已存在的文化及宗教綜攝并受之影響，伊斯蘭教的包容性使之在印度尼西亞的傳播具有優(yōu)勢，此情形在爪哇最為顯著。
殖民地時期
原生于班達群島的肉豆蔻，曾為世界上最具價值的商品。歐洲因而將殖民勢力帶入印度尼西亞。印度尼西亞人與歐洲人首次正規(guī)接觸始于1512年，由佛朗西斯科·施蘭(Francisco Serrão)帶領(lǐng)葡萄牙商人尋找并壟斷摩鹿加群島上的肉豆蔻、丁香及蓽澄茄等資源，隨后荷蘭及英國商人也到印度尼西亞。荷蘭于1602年成立荷蘭東印度公司，并成為歐洲位于印度尼西亞的主要勢力，曾遭遇破產(chǎn)及印度尼西亞人民武裝抗爭，東印度公司于1800年解散，荷蘭政府則成立荷屬東印度接管印度尼西亞殖民地。
在多數(shù)殖民統(tǒng)治期間，荷蘭在海岸堡壘以外的控制力相當薄弱，直到20世紀初期荷蘭統(tǒng)治范圍才擴張至今日印度尼西亞的版圖。第一次世界大戰(zhàn)完結(jié)之后，當?shù)厝碎_始爭取自治。雖然在印度尼西亞獨立戰(zhàn)爭時內(nèi)部政治、社會、宗派分歧，但印度尼西亞人團結(jié)一致爭取獨立。
第二次世界大戰(zhàn)中的印度尼西亞日治時期結(jié)束了荷蘭統(tǒng)治，鼓舞了先前被壓抑的印度尼西亞獨立運動。最初日本推行“三亞運動”，但并未獲得認同而告失敗;轉(zhuǎn)而拉攏國族主義及伊斯蘭力量。日本訓(xùn)練了年輕人武裝，成為在獨立戰(zhàn)爭中的軍事力量，領(lǐng)袖在此時期也得以深入人群而建立聯(lián)系，均對后來獨立運動有所影響，但戰(zhàn)后聯(lián)合國報告指出在日本統(tǒng)治時期有400萬人因饑荒及強制勞動而死亡。
民族獨立時期
蘇加諾為印度尼西亞首任總統(tǒng)。自建國后，蘇加諾一直實施獨裁統(tǒng)治，借由平衡軍方反對勢力及印度尼西亞共產(chǎn)黨維持其權(quán)力[74]。1965年9月30日印度尼西亞發(fā)生了“九·三〇”事件，部分印度尼西亞軍方高層意圖推翻蘇加諾政權(quán)，后事情敗露被處決，軍事強人蘇哈托鎮(zhèn)壓叛軍后掌握大權(quán)，此后蘇哈托組織部隊進行反共清洗和推翻蘇加諾，印度尼西亞共產(chǎn)黨被指控策動政變而受重創(chuàng)，包含華人和印尼共產(chǎn)黨員在內(nèi)約有50萬人受害。1967年2月，蘇加諾被解除總統(tǒng)頭銜，蘇哈托出任代理總統(tǒng)。1968年，軍隊司令蘇哈托正在出任總統(tǒng)一職。
廢除支那稱呼
印尼總統(tǒng)蘇西洛日前簽署2014年第12號總統(tǒng)決定書，正式廢除1967年第6號通告，把“支那”(cina)改稱“中華”。1967年第6號通告是印尼前總統(tǒng)蘇哈托時代的產(chǎn)物，包含對中國與華人的國格和人格的歧視與侮辱。當?shù)厝A人表示，40多年來對中國和華人的歧視稱呼將一去不復(fù)返了，這是印尼民主政治進步的體現(xiàn)。