許多高校，碩士研究生的錄取數(shù)量早已超過了本科生，部分“985”、“211”重點(diǎn)院校亦在其列。對(duì)于許多學(xué)校而言，它們并沒有為碩士研究生擴(kuò)招做好充分的教育資源準(zhǔn)備，培養(yǎng)質(zhì)量難以保證。相反科研院所招收的研究生一般都比較少，倍受詬病的“一個(gè)導(dǎo)師帶十幾個(gè)研究生”就很難發(fā)生在科研院所，所以學(xué)生獲得的人均資源也會(huì)比較多。在基礎(chǔ)設(shè)施上，科研院所專業(yè)研究條件也高于高校基礎(chǔ)。另外其獎(jiǎng)助程度也遠(yuǎn)高于高校，以電信科學(xué)技術(shù)研究院為例，其研究生在學(xué)期間獲得的獎(jiǎng)助金總額均為在學(xué)期間所繳納學(xué)費(fèi)的總額1-3倍，實(shí)現(xiàn)了公費(fèi)制，獎(jiǎng)助金的覆蓋面為100%。更重要的是由于沒有本科設(shè)置，所以科研院所不存在“保護(hù)本校生”的問題，相對(duì)高校招考會(huì)顯得比較公正。同時(shí)在社會(huì)就業(yè)大潮的涌動(dòng)之下，名校的畢業(yè)生或許也難就業(yè)，但是熱門科研院所的畢業(yè)生的前途就可以用“不可限量”來形容了。比如就讀“財(cái)政部財(cái)政科學(xué)研究所”，那么進(jìn)財(cái)政部工作的機(jī)會(huì)就非常的大;就讀“商務(wù)部國(guó)際貿(mào)易經(jīng)濟(jì)合作研究院”，那么進(jìn)商務(wù)部工作的機(jī)會(huì)就非常的大;而“中國(guó)人民銀行研究生部”(現(xiàn)在的清華大學(xué)五道口金融學(xué)院)在國(guó)內(nèi)被稱為“銀行行長(zhǎng)和銀行家的搖籃”。
目前我國(guó)的獨(dú)立研究院所有很多種，其中實(shí)力最強(qiáng)、名氣最大、分布最廣、數(shù)量最集中的是直屬國(guó)務(wù)院的中科院、社科院兩大科研系統(tǒng)中的各類研究所和研究中心。兩大系統(tǒng)下屬的各類研究機(jī)構(gòu)遍布全國(guó)各地，幾乎所有省份都設(shè)有其直屬的研究機(jī)構(gòu)，其中尤以北京最為集中。這兩大系統(tǒng)是專為應(yīng)對(duì)國(guó)家和社會(huì)發(fā)展的科研需求而設(shè)的，是國(guó)家的“思想庫”和“智囊團(tuán)”，為國(guó)家培養(yǎng)源源不斷的研究型后備軍團(tuán)也是它們的重要任務(wù)之一。
另一種獨(dú)立研究院所是直屬國(guó)家各部委的，主要是為本部委和所屬行業(yè)提供科研成果，同時(shí)也利用自身成熟而豐富的科研資源為本行業(yè)培養(yǎng)研究人才，如國(guó)家地震局的地球物理研究所。其中直屬衛(wèi)生部的中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院比較特別，它是我國(guó)唯一的國(guó)家級(jí)醫(yī)科學(xué)術(shù)中心和綜合性醫(yī)學(xué)科研機(jī)構(gòu)，與中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué)實(shí)行院校合一的管理體制，醫(yī)科院為協(xié)和醫(yī)大提供雄厚的師資和技術(shù)力量，協(xié)和醫(yī)大為醫(yī)科院培養(yǎng)高層次的人才，兩者相互依托，優(yōu)勢(shì)互補(bǔ)，這樣教研相長(zhǎng)的的管理模式在我國(guó)也是獨(dú)一無二的。
還有一種是直屬各省市相關(guān)單位的研究機(jī)構(gòu)，它們的級(jí)別低一些，規(guī)模小一些，但是研究方向更靈活、更有針對(duì)性，地域性也更強(qiáng)。它們?cè)谙蛩鶎偈∈姓拖嚓P(guān)單位提供科研成果的同時(shí)，也為各自領(lǐng)域培養(yǎng)后續(xù)的研究力量，如北京市首都兒科研究所、廣西民族醫(yī)藥研究所等。
此外，有些同樣以科研為主、不招收本科生的研究院所或研究中心是設(shè)在高校內(nèi)部的，它們歸屬于高校，并沒有完全的獨(dú)立性，但具有許多與獨(dú)立院所相似的性質(zhì)和特點(diǎn)，如清華大學(xué)核能與新能源技術(shù)研究院、山東大學(xué)文史哲研究院等。