土木水利學(xué)院成立于2000年，其前身是土木工程系和水利水電工程系。
　　土木工程系成立于1926年,是清華大學(xué)歷史最悠久的系科之一。當時，系內(nèi)分為結(jié)構(gòu)、鐵路及道路、水利、市政衛(wèi)生四個科,培養(yǎng)了很多優(yōu)秀人才。1952年全國高校院系調(diào)整時，在水利學(xué)科的基礎(chǔ)上成立了水利工程系，設(shè)河川及水力發(fā)電站建筑、水力動力裝置專業(yè)。土木工程系設(shè)工業(yè)與民用建筑、建筑施工、給排水、暖通、建筑材料五個專業(yè)。
　　60年代土木工程系和建筑系曾一度合并為土木建筑系，1970年改稱建筑工程系。1980年建筑工程系分成建筑系、土木與環(huán)境工程系。1984年給排水專業(yè)分離后，恢復(fù)了土木工程系，同年水利工程系更名為水利水電工程系。1986年土木工程系增設(shè)“建筑管理”專業(yè)。
　　2000年，為適應(yīng)形勢的需要，在土木工程系和水利水電工程系的基礎(chǔ)上成立了土木水利學(xué)院，并在兩系各自的工程管理相關(guān)專業(yè)的基礎(chǔ)上成立了建設(shè)管理系。
　　土木水利學(xué)院的成立，形成了“按一級學(xué)科建系，按二級學(xué)科建所，按相關(guān)一級學(xué)科群建院”的學(xué)科布局。在人才培養(yǎng)上，土木工程、水利水電工程、工程管理三個專業(yè)共同形成“工程技術(shù)加工程管理”的人才培養(yǎng)模式。在科學(xué)研究上，重視基礎(chǔ)研究、注重工程應(yīng)用、適應(yīng)國家需求、推動學(xué)科發(fā)展。