上海中醫(yī)藥大學基礎醫(yī)學院（中醫(yī)基礎理論研究所）是院所合一的二級學院。其前身為上海中醫(yī)學院基礎部，于1962年10月建立。因其規(guī)模和職能的擴展，隨我校更名為上海中醫(yī)藥大學后，于1996年10月改稱為基礎醫(yī)學院。

　　基礎醫(yī)學院承擔全校各專業(yè)本科生、研究生的前期中、西醫(yī)基礎課程的教學任務。學院下設19個教研室、3個研究室、1個實驗研究中心（含1個公共實驗室、7個專業(yè)實驗室），隸屬5個二級學科�，F有教職員工176名，其中專任教師158人，具有研究生學歷者133名（占84％），正高26名、副高45名，終身教授3人。學院管理的在校學生近千名，其中碩士生、博士生200余名。學院設有5個博士后流動站，5個博士點，5個碩士點。中醫(yī)醫(yī)史文獻學科為國家級重點（培育）學科，中醫(yī)基礎理論學科是國家中醫(yī)藥管理局“十一五”重點學科，中醫(yī)診斷學學科、中醫(yī)各家學說學科是國家中醫(yī)藥管理局“十二五”重點學科，中醫(yī)診斷學學科也是上海市重點學科，中西醫(yī)結合基礎學科是上海市教委重點學科。中醫(yī)臨床基礎學科在全國中醫(yī)院校中也具有一定的學術優(yōu)勢和地位。學院在開展中醫(yī)學術史研究、中醫(yī)藏象研究、中醫(yī)“證”的研究、中醫(yī)四診客觀化研究、中醫(yī)中藥延緩衰老機理研究、中醫(yī)防治亞健康研究、中醫(yī)體質學研究等方面均取得可喜成績，在中西醫(yī)結合基礎學科中創(chuàng)立了具有中醫(yī)特色的經穴解剖學，其學術水平全國領先。目前，學院承擔國家和部市級課題20余項，在研課題經費總計1600余萬。近五年來，學院先后主編或副主編國家統(tǒng)編規(guī)劃及新世紀課程教材29本。擁有國家級精品課程4門（實驗中醫(yī)學、醫(yī)古文、內經選讀、中醫(yī)診斷學），市級精品課程6門（實驗中醫(yī)學、醫(yī)古文、內經選讀、中醫(yī)診斷學、傷寒論、經絡腧穴解剖學），是全國理科基礎學科研究和教學人才培訓基地，該基地的教學團隊是國家級教學團隊。2011年，學院成為上海市教育系統(tǒng)優(yōu)秀集體。

　　學院名師輩出，名醫(yī)薈萃，金壽山、劉樹農、張伯訥、殷品之、張震夏、賈福華、沈濟蒼、萬淑媛、裘沛然、凌耀星、傅維康、段逸山、柯雪帆、嚴世蕓、趙偉康、嚴振國、曾兆麟、施玉華、顧文聰等著名中西醫(yī)學家先后在學院任教任職。

　　學院還聘請多名國內外知名專家、教授擔任名譽教授和客座教授，互訪及學術交流頻繁。學院有多名教授應邀赴美國、法國、日本、韓國、新加坡、澳大利亞等國講學，在國際上為學校贏得良好聲譽。

　　長期以來，學院在歷任領導帶領和廣大教職工共同努力下，為學校的教學科研及社會服務做出了重大貢獻，成為學校教育科研事業(yè)的主要支柱�！�