上海中醫(yī)藥大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院（中醫(yī)基礎(chǔ)理論研究所）是院所合一的二級學(xué)院。其前身為上海中醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)部，于1962年10月建立。因其規(guī)模和職能的擴展，隨我校更名為上海中醫(yī)藥大學(xué)后，于1996年10月改稱為基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。
基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院承擔(dān)全校各專業(yè)本科生、研究生的前期中、西醫(yī)基礎(chǔ)課程的教學(xué)任務(wù)。學(xué)院下設(shè)19個教研室、3個研究室、1個實驗研究中心（含1個公共實驗室、7個專業(yè)實驗室），隸屬5個二級學(xué)科�，F(xiàn)有教職員工176名，其中專任教師158人，具有研究生學(xué)歷者133名（占84％），正高26名、副高45名，終身教授3人。學(xué)院管理的在校學(xué)生近千名，其中碩士生、博士生200余名。學(xué)院設(shè)有5個博士后流動站，5個博士點，5個碩士點。中醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)學(xué)科為國家級重點（培育）學(xué)科，中醫(yī)基礎(chǔ)理論學(xué)科是國家中醫(yī)藥管理局“十一五”重點學(xué)科，中醫(yī)診斷學(xué)學(xué)科、中醫(yī)各家學(xué)說學(xué)科是國家中醫(yī)藥管理局“十二五”重點學(xué)科，中醫(yī)診斷學(xué)學(xué)科也是上海市重點學(xué)科，中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)學(xué)科是上海市教委重點學(xué)科。中醫(yī)臨床基礎(chǔ)學(xué)科在全國中醫(yī)院校中也具有一定的學(xué)術(shù)優(yōu)勢和地位。學(xué)院在開展中醫(yī)學(xué)術(shù)史研究、中醫(yī)藏象研究、中醫(yī)“證”的研究、中醫(yī)四診客觀化研究、中醫(yī)中藥延緩衰老機理研究、中醫(yī)防治亞健康研究、中醫(yī)體質(zhì)學(xué)研究等方面均取得可喜成績，在中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)學(xué)科中創(chuàng)立了具有中醫(yī)特色的經(jīng)穴解剖學(xué)，其學(xué)術(shù)水平全國領(lǐng)先。目前，學(xué)院承擔(dān)國家和部市級課題20余項，在研課題經(jīng)費總計1600余萬。近五年來，學(xué)院先后主編或副主編國家統(tǒng)編規(guī)劃及新世紀(jì)課程教材29本。擁有國家級精品課程4門（實驗中醫(yī)學(xué)、醫(yī)古文、內(nèi)經(jīng)選讀、中醫(yī)診斷學(xué)），市級精品課程6門（實驗中醫(yī)學(xué)、醫(yī)古文、內(nèi)經(jīng)選讀、中醫(yī)診斷學(xué)、傷寒論、經(jīng)絡(luò)腧穴解剖學(xué)），是全國理科基礎(chǔ)學(xué)科研究和教學(xué)人才培訓(xùn)基地，該基地的教學(xué)團隊是國家級教學(xué)團隊。2011年，學(xué)院成為上海市教育系統(tǒng)優(yōu)秀集體。
學(xué)院名師輩出，名醫(yī)薈萃，金壽山、劉樹農(nóng)、張伯訥、殷品之、張震夏、賈福華、沈濟蒼、萬淑媛、裘沛然、凌耀星、傅維康、段逸山、柯雪帆、嚴(yán)世蕓、趙偉康、嚴(yán)振國、曾兆麟、施玉華、顧文聰?shù)戎形麽t(yī)學(xué)家先后在學(xué)院任教任職。
學(xué)院還聘請多名國內(nèi)外知名專家、教授擔(dān)任名譽教授和客座教授，互訪及學(xué)術(shù)交流頻繁。學(xué)院有多名教授應(yīng)邀赴美國、法國、日本、韓國、新加坡、澳大利亞等國講學(xué)，在國際上為學(xué)校贏得良好聲譽。
長期以來，學(xué)院在歷任領(lǐng)導(dǎo)帶領(lǐng)和廣大教職工共同努力下，為學(xué)校的教學(xué)科研及社會服務(wù)做出了重大貢獻(xiàn)，成為學(xué)校教育科研事業(yè)的主要支柱。