東南大學(xué)物理系起源于三江師范學(xué)堂于1904年設(shè)立的格致科，先后更名為理化科、理化數(shù)學(xué)部、數(shù)學(xué)理化部等。1920年，南京高等師范學(xué)校時期的數(shù)學(xué)理化部與國文史地部合并為文理科，下設(shè)物理系等8個系。1952年全國院系調(diào)整，南京工學(xué)院設(shè)立物理教研組，物理系從此中斷。直到1983年重建理化系，1988年成立物理系。在物理系發(fā)展的百余年歷史長河中，涌現(xiàn)出了吳健雄、李國鼎、嚴(yán)濟慈等著名學(xué)者。
　　物理系現(xiàn)設(shè)有物理學(xué)教研室、應(yīng)用物理教研室、光信息科學(xué)與技術(shù)教研室、大學(xué)物理教研室、物理實驗教研室等5個教學(xué)科研單位。全系現(xiàn)有教職工87人，其中專任教師61人，實驗人員18人，機關(guān)人員8人。專任教師中有教授21人，副教授20人，其中博士生導(dǎo)師15人，教師中博士所占比例達(dá)到83%。本系現(xiàn)有教育部課程教學(xué)指導(dǎo)委員會委員1人，教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計劃入選者5人，江蘇省333人才培養(yǎng)工程入選者2人，江蘇省六大人才高峰支持計劃入選者3人，江蘇省青藍(lán)工程支持計劃入選者4人，東南大學(xué)青年特聘教授2人，東南大學(xué)優(yōu)秀青年教師教學(xué)科研資助計劃入選者10人。
　　物理系現(xiàn)有“物理學(xué)” 一級學(xué)科博士點（涵蓋理論物理、凝聚態(tài)物理、光學(xué)、粒子物理與原子核物理、原子與分子物理、等離子體物理、無線電物理、聲學(xué)等8個二級學(xué)科）、“物理學(xué)”一級學(xué)科碩士點、及“課程與教學(xué)論”碩士點。本系每年招收的博士研究生10余人、碩士研究生約30人�？蒲蟹较蛑饕�包括凝聚態(tài)理論、計算物理、非線性物理、原子核理論、粒子物理、量子光學(xué)、非線性光學(xué)、功能材料物理、納米結(jié)構(gòu)物理、光子材料物理等�，F(xiàn)有計算物理實驗室、材料物理實驗室、光電物理實驗室等3個科研基地。目前承擔(dān)國家級和部省級科研項目30余項，近5年來在國際一流學(xué)術(shù)期刊上發(fā)表高水平學(xué)術(shù)論文100余篇，曾與兄弟院校合作獲得國家自然科學(xué)二等獎、中國高�？茖W(xué)技術(shù)一等獎各1項。
　　物理系現(xiàn)設(shè)有“物理學(xué)”、“應(yīng)用物理”、“光信息科學(xué)與技術(shù)”等3個本科專業(yè)，每年招收本科生90人。3個本科專業(yè)采用寬口徑培養(yǎng)模式，注重培養(yǎng)學(xué)生扎實的數(shù)學(xué)物理基礎(chǔ)和良好的實踐動手能力，著重加強創(chuàng)新能力的培養(yǎng)。近三年，畢業(yè)生的就業(yè)率均為100%，有超過40%的畢業(yè)生考取了中科院及清華、北大、復(fù)旦等名牌高校的研究生。此外，物理系還承擔(dān)了全校本科生的物理基礎(chǔ)課程的教學(xué)任務(wù)，現(xiàn)有4門國家級精品課程（大學(xué)物理、大學(xué)物理實驗、大學(xué)物理雙語導(dǎo)論、新生引導(dǎo)性實驗實踐課程），1個國家級實驗教學(xué)示范中心（物理實驗中心），1個國家級教學(xué)創(chuàng)新團隊，獲得了國家級教學(xué)成果一等獎和二等獎各1項。
　　經(jīng)過多年的發(fā)展，物理系已成為人才培養(yǎng)和科技創(chuàng)新并駕齊驅(qū)的研究型單位，是東南大學(xué)理科發(fā)展的主力軍之一。