1959年，南航設立了“解算裝置”專業(yè)，是全國最早設立計算機專業(yè)的高校之一。1983年正式成立計算機工程系，2010年11月，經學校批準，成立計算機科學與技術學院，下設計算機科學與技術系、信息安全系、軟件工程系、物聯(lián)網工程系、計算機基礎教學部和計算中心等系部。學院現有教職工85人，其中專任教師72人，博導23人(含兼職)，教授19人，副教授37人。在校學生1464人，其中本科生947人，研究生517人。學院現有計算機科學與技術一級學科博士點、博士后流動站，擁有計算機應用技術、計算機軟件與理論、計算機系統(tǒng)結構三個碩士點，設有計算機科學與技術、信息安全、軟件工程、物聯(lián)網工程四個本科專業(yè)。計算機科學與技術專業(yè)為江蘇省特色專業(yè)。近兩年來，學院獲評省級以上精品課程（群）3個，編寫國家“十一五”規(guī)劃教材1部、江蘇省精品教材1部，承擔江蘇省教改項目2項。
　　“十一五”以來，學院年均承擔國家863、973項目、國家自然科學基金、國防預研項目、航空基金以及省部委下達項目、橫向合作項目和各類攻關項目30余項，年均科研到款800余萬元，獲得省部級以上科技成果獎8項，發(fā)表學術論文被三大檢索收錄395篇。