生物醫(yī)學招收本專業(yè)研究生的院校眾多，既有北京大學、清華大學、浙江大學、上海交通大學等一流名校，又在北京工業(yè)大學、大連理工大學、南京航空航天大學、武漢理工大學等工科學校占有一席之地。同時因為與醫(yī)學的高度結合，該專業(yè)也成為醫(yī)學院的熱門專業(yè)。作為朝陽專業(yè)，又是研究生報考熱門，很多院校在招收學術型研究生的同時，也有部分旨在增強學生的實踐能力的專業(yè)學位名額。

　　1.東南大學

　　這所有著110年校史的“建筑老八校”，工科專業(yè)自然是強勢。生物醫(yī)學工程專業(yè)在生物科學與醫(yī)學工程學院和學習科學研究中心均有招生，是名副其實的王牌專業(yè)。招生人數(shù)眾多，2012年兩個院系共招收80名研究生，統(tǒng)考生有58個名額。該校的生物醫(yī)學工程專業(yè)方向眾多，從生物信息技術、醫(yī)學圖像與醫(yī)學電子學、生物醫(yī)學材料與器件到腦與教育、情感神經(jīng)科學、情感信息處理與傳感技術等20個方向。

　　2.四川大學

　　位于巴蜀圣地的百年名校四川大學，每年都是考研人聚集地。生物醫(yī)學工程專業(yè)在四川大學有著廣闊的發(fā)展空間，也是眾多院系力推的熱門。材料科學與工程學院、電氣信息學院、建筑與環(huán)境學院、高分子科學與工程學院、生物材料工程研究中心、分析測試中心都有招生。該專業(yè)的競爭相當激烈，值得注意的是不同的學院招生考試科目有所不同，復試內(nèi)容也會根據(jù)方向不同而相差甚遠。川大的該專業(yè)設有生物材料及人工器官方向，在現(xiàn)代醫(yī)學迅猛發(fā)展的大趨勢下，這個領域有著大量的人才缺口。而且依托華西醫(yī)學中心的資源優(yōu)勢，學生享有更強的硬件條件和就業(yè)空間。

　　3.清華大學

　　清華的工科，在國內(nèi)是實實在在的殿堂級別。同時因為Top2的大學名號，國家每年在實驗室和師資建設上也大量投資，學生也有更多出國交流訪學的機會。作為新興專業(yè)，清華大學的生物醫(yī)學工程專業(yè)發(fā)展迅猛。該專業(yè)在醫(yī)學院招生，有生物醫(yī)學信息檢測與處理、生物醫(yī)學儀器與系統(tǒng)、醫(yī)學成像與醫(yī)學圖像處理、生理系統(tǒng)建模與仿真、生物芯片與醫(yī)學系統(tǒng)生物學、生物醫(yī)學檢測與科學儀器6個方向。清華大學醫(yī)學院成立較晚，發(fā)展態(tài)勢迅猛，且學校投入了大量資金，構建起一流的科研條件。醫(yī)學院招收的直博生較多，同時鼓勵碩博連讀。

　　4.浙江大學

　　浙江大學生物醫(yī)學工程與儀器科學學院是國內(nèi)該專業(yè)人才的大本營，在國內(nèi)率先創(chuàng)立該專業(yè)，生物醫(yī)學工程為國家重點學科。同時因為浙江大學位于杭州，學生就業(yè)輻射整個長三角地區(qū)。該地經(jīng)濟發(fā)展快，聚集眾多名企，生物科技企業(yè)更是不占少數(shù)，所以畢業(yè)生就業(yè)前景看好，大多供職于微軟公司、飛利浦、西門子、東芝、華為公司、百度、寶潔、阿里巴巴、強生等知名企業(yè)或省市級三甲醫(yī)院。據(jù)統(tǒng)計，2012年，該專業(yè)學術型學位報考176人，錄取20人，最高418分，最低350分，平均分達到380分之高。專業(yè)學位報考5人，錄取7人，接受學術型調(diào)劑。

　　5.西安交通大學

　　位于歷史名城西安的西安交通大學，由于地理位置的原因，與東部沿海城市的報考熱度有所差距。也正因此，給甘于寂寞、志在科研的學生更多的求學機會。西安交通大學的生物醫(yī)學工程專業(yè)為教育部重點學科，擁有國家級專業(yè)實驗室。該專業(yè)在生命科學學院和前沿科學技術研究院均有所招生，其科研水平位于全國前列。其干細胞與器官再生、藥物控制和靶向釋放、腫瘤靶向治療與藥物遞送等方向與醫(yī)學聯(lián)系密切，特別適合藥學、基礎醫(yī)學相關專業(yè)畢業(yè)生報考。初試時有信號與系統(tǒng)(含數(shù)字信號處理)、普通物理學、生物化學、微機原理與應用四個科目任選其一，所以物理、生物、化學、計算機、電子信息工程等專業(yè)的學生都可以報考。

　　除此之外，招收生物醫(yī)學工程專業(yè)的學校名目眾多，各類學校都有其不同的優(yōu)勢，而在招生時也有兩個代碼，077600側(cè)重于醫(yī)學方向，083100是工科方向，當下的學科排名主要依據(jù)工科方向。很多醫(yī)學院校的生物醫(yī)學工程專業(yè)發(fā)展迅速，向醫(yī)學傾斜，工學與醫(yī)學高度交叉，如北京協(xié)和醫(yī)學院、南方醫(yī)科大學、中國醫(yī)科大學、首都醫(yī)科大學、第二軍醫(yī)大學等。綜合性大學中，中南大學、同濟大學、中山大學、華中科技大學等也各具優(yōu)勢。