水文水資源學(xué)院前身為1952年建立的華東水利學(xué)院水文系;1984年更名為水資源水文系;1995年，學(xué)校內(nèi)部機(jī)構(gòu)調(diào)整，水資源水文系與環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院合并，成立水文水資源及環(huán)境學(xué)院;2002年，調(diào)整為水資源環(huán)境學(xué)院，2007年更名為水文水資源學(xué)院。
1954年，著名水文學(xué)家劉光文教授等創(chuàng)建了我國(guó)第一個(gè)水文本科專業(yè)，并于1955年招收研究生，是我國(guó)第一批培養(yǎng)研究生的學(xué)科點(diǎn)。1981年首批獲得學(xué)士、碩士和博士學(xué)位授予權(quán)。1988、2002和2007年連續(xù)三次被評(píng)為國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科。1991 年獲世界銀行貸款“中國(guó)重點(diǎn)學(xué)科發(fā)展項(xiàng)目”資助，1993年建成水資源開(kāi)發(fā)利用國(guó)家專業(yè)實(shí)驗(yàn)室。1996年列入“九五”“211工程”重點(diǎn)學(xué)科建設(shè)項(xiàng)目。 1997年，聯(lián)合國(guó)教科文組織通過(guò)專門議案，在我校設(shè)立UNESCO國(guó)際水文水資源及環(huán)境培訓(xùn)與研究中心。2001年，批準(zhǔn)設(shè)立水資源開(kāi)發(fā)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，2002年列入“九五”“211工程”重點(diǎn)建設(shè)項(xiàng)目。
學(xué)院設(shè)有水文與水資源工程系、城市資源環(huán)境系、水務(wù)工程系、國(guó)際水文水資源及環(huán)境培訓(xùn)與研究中心、中德水資源研究所、水文水利自動(dòng)化研究所、水文水資源研究所、水生態(tài)環(huán)境研究所、水資源環(huán)境實(shí)驗(yàn)中心，擁有國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科“水文學(xué)及水資源”，具有“水文水資源與水利工程科學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”和“水資源高效利用與工程安全國(guó)家工程中心”研究基地，一個(gè)博士后流動(dòng)站，三個(gè)博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)：水文學(xué)及水資源、生態(tài)水利、城市水務(wù)，五個(gè)碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)：水文學(xué)及水資源、生態(tài)水利、城市水務(wù)、人文地理和自然地理。
學(xué)院現(xiàn)有教職工91人，雙聘院士4名，教授26名，博士生導(dǎo)師21名，副高22名，具有博士學(xué)位者51人。設(shè)有“水文與水資源工程”、“資源環(huán)境與城鄉(xiāng)規(guī)劃管理”、“水務(wù)工程”3個(gè)本科專業(yè)。2006年水文與水資源工程專業(yè)被評(píng)為江蘇省品牌專業(yè)，2007年被遴選為國(guó)家第一批特色專業(yè)建設(shè)點(diǎn)并通過(guò)教育部組織的工程教育專業(yè)認(rèn)證，2008年水文專業(yè)教學(xué)團(tuán)隊(duì)被評(píng)為國(guó)家級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì)。2000年以來(lái)主持與承擔(dān)1000余項(xiàng)包括國(guó)家973計(jì)劃、863課題、國(guó)家自然科學(xué)基金、國(guó)家科技攻關(guān)和直接服務(wù)于國(guó)民經(jīng)濟(jì)建設(shè)的科研項(xiàng)目，經(jīng)費(fèi)總額2.77億元，發(fā)表論文3000余篇，出版專著和教材30多部，獲部省級(jí)以上獎(jiǎng)51項(xiàng)，參與國(guó)際學(xué)術(shù)交流300多人次，擁有教育部長(zhǎng)江學(xué)者創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)。
多年來(lái)，學(xué)院一直秉承“繼承與發(fā)展”的方針，注重學(xué)術(shù)積累，已逐步形成覆蓋水文、水資源、水環(huán)境及3S技術(shù)應(yīng)用領(lǐng)域的比較穩(wěn)定的研究方向，有一支理論基礎(chǔ)深厚、實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)豐富的老、中、青相結(jié)合的學(xué)術(shù)帶頭人和學(xué)術(shù)骨干隊(duì)伍，有全國(guó)較齊全的水文圖書資料和先進(jìn)的實(shí)驗(yàn)研究設(shè)施，并與國(guó)內(nèi)外水文水資源領(lǐng)域著名的學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)建立了良好的合作關(guān)系。緊密跟蹤與引導(dǎo)學(xué)科發(fā)展趨勢(shì)，積極參與解決國(guó)民經(jīng)濟(jì)建設(shè)中的重大水文水資源及環(huán)境問(wèn)題，總體上居國(guó)際先進(jìn)水平。