河海大學(xué)研究生院是國家設(shè)立的56所研究生院之一，是國家高層次人才培養(yǎng)和科技創(chuàng)新的重要基地。研究生院坐落在南京市區(qū)風(fēng)景優(yōu)美的清涼山麓。培養(yǎng)領(lǐng)域覆蓋了工、理、經(jīng)、管、文、法等多學(xué)科，尤其是在水利學(xué)科研究生培養(yǎng)方面具有廣泛的社會影響，是我國最大的水利學(xué)科研究生培養(yǎng)基地。
　　學(xué)校研究生教育始于50年代，是國家首批招收博、碩士生的單位和全國最早開展研究生教育的學(xué)校之一。學(xué)校現(xiàn)有1個一級學(xué)科國家重點學(xué)科（水利工程），7個二級學(xué)科國家重點學(xué)科，9個省級重點學(xué)科；9個國家級以及省部級重點實驗室、6個國家級以及省部級工程研究中心；7個博士后流動站；57個博士點，183個碩士點，11種碩士專業(yè)學(xué)位類別，其中工程碩士專業(yè)學(xué)位涉及18個工程領(lǐng)域。現(xiàn)有博士生導(dǎo)師306人，碩士生導(dǎo)師498人,中國科學(xué)院院士、中國工程院院士12人（含雙聘院士）。水文水資源、環(huán)境、水利水電、土木與交通、港口海岸與近海工程、機電工程、計算機與信息、能源與電氣、商學(xué)院、公管、理學(xué)和外國語等17個院系可招收研究生。2009年在校博碩士生7919人。
　　研究生院具有良好的研究條件，緊密依托學(xué)校各類研究院（所）、工程中心、實驗室培養(yǎng)高質(zhì)量研究生。學(xué)校同時具有國家重點實驗室和國家工程研究中心，另有31個研究所（研究中心），60個實驗室。2000年以來，學(xué)校已有300余項科研成果獲獎，其中一批科研成果在理論上有重大突破，達到國際領(lǐng)先和國際先進水平。
　　研究生院堅持把提高研究生培養(yǎng)質(zhì)量作為各項工作的重中之重。發(fā)起建設(shè)的長江黃河研究生培養(yǎng)基地、西部研究生培養(yǎng)基地被批準(zhǔn)為國家研究生創(chuàng)新中心。全面啟動和實施研究生教育創(chuàng)新工程，大力開展研究生科技文化藝術(shù)活動，全面提高研究生的綜合素質(zhì)、創(chuàng)新精神、創(chuàng)新能力。在培養(yǎng)工作中，既注重學(xué)術(shù)型、研究型研究生的培養(yǎng)，又注重應(yīng)用型、復(fù)合型研究生的培養(yǎng)。培養(yǎng)的畢業(yè)研究生以品德好、基礎(chǔ)寬、重實踐、能力強的優(yōu)點受到用人單位的歡迎，其中一些畢業(yè)生在三峽工程、黃河小浪底工程、南水北調(diào)工程等國家重大工程建設(shè)中發(fā)揮了領(lǐng)導(dǎo)和骨干作用。
　　研究生院積極推進國際合作與交流。目前已為亞洲、非洲、美洲、歐洲40多個國家和地區(qū)培養(yǎng)了數(shù)百名學(xué)生。已經(jīng)與幾十個國家和地區(qū)的40余所大學(xué)和科研機構(gòu)建立了穩(wěn)定的校（所）際協(xié)作關(guān)系。隸屬聯(lián)合國教科文組織的國際水文水資源培訓(xùn)與研究中心設(shè)在我校，同時設(shè)有環(huán)境、巖土、力學(xué)研究中心等國際合作科研基地。