醫(yī)學(xué)工程學(xué)院是合肥工業(yè)大學(xué)整合學(xué)校制藥工程學(xué)科和生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)科相關(guān)資源于2011年3月組建而成。學(xué)院設(shè)置有制藥工程和生物醫(yī)學(xué)工程2個(gè)本科專業(yè)，擁有生物化工二級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，制藥工程碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，制藥工程專業(yè)碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，以及生物質(zhì)化學(xué)與化工博士學(xué)位授權(quán)資格。制藥工程學(xué)科和生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)科已經(jīng)培養(yǎng)本科生和研究生1100多人。目前在校本科生和研究生近500人。
　　醫(yī)學(xué)工程學(xué)院致力于制藥工程和生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)人才的培養(yǎng)，專注于醫(yī)藥、診療技術(shù)與設(shè)備、醫(yī)療儀器與制造，以及生物材料、組織工程等新興研究領(lǐng)域。學(xué)院下設(shè)制藥工程系和生物醫(yī)學(xué)工程系，擁有藥物分子設(shè)計(jì)與合成研究所、生物醫(yī)學(xué)信息工程研究所和隸屬于教育部農(nóng)產(chǎn)品生物化工工程研究中心的生物化工與制藥工程研究所。學(xué)院建有生物醫(yī)學(xué)與制藥工程中心實(shí)驗(yàn)室和控釋藥物研究室，實(shí)驗(yàn)設(shè)備價(jià)值一千多萬元。此外，醫(yī)學(xué)工程學(xué)院還建有校內(nèi)外實(shí)習(xí)教學(xué)基地10余家，具有較完備的專業(yè)實(shí)踐教學(xué)與科研實(shí)驗(yàn)平臺(tái)條件。
　　醫(yī)學(xué)工程學(xué)院現(xiàn)有教職員工25人，包括教授5人、副教授5人和高級(jí)實(shí)驗(yàn)師2人。教職員工中擁有博士學(xué)位的占20人，來自于醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、化學(xué)、制藥工程、生物化工、生物醫(yī)學(xué)工程、材料工程等專業(yè)教育背景。部分教師同時(shí)具有工業(yè)界一線工作經(jīng)歷。這支隊(duì)伍先后承擔(dān)了多項(xiàng)教學(xué)研究課題，取得了國家級(jí)教學(xué)成果二等獎(jiǎng)1項(xiàng)、省級(jí)教學(xué)成果二等獎(jiǎng)1項(xiàng)和國家級(jí)質(zhì)量工程項(xiàng)目2項(xiàng)。
　　醫(yī)學(xué)工程學(xué)院已經(jīng)完成數(shù)十項(xiàng)國家級(jí)、省部級(jí)科研課題以及企業(yè)委托科研項(xiàng)目。學(xué)院在新藥創(chuàng)制和制藥工程研究方向具有較強(qiáng)的實(shí)力，已經(jīng)開發(fā)出一類新藥心腦血管藥物銀杏內(nèi)酯B注射劑；作為區(qū)域性緩釋化療技術(shù)的引領(lǐng)者，開發(fā)了國內(nèi)外首創(chuàng)的抗腫瘤氟尿嘧啶植入劑（新藥證書和GMP證書）。目前學(xué)院正在大力拓展醫(yī)療成像技術(shù)和組織材料工程等特色科研領(lǐng)域。
　　醫(yī)學(xué)工程學(xué)院積極投身于辦學(xué)理念和人才培養(yǎng)模式的創(chuàng)新，努力打造高水平、有特色的師資隊(duì)伍，不斷完善實(shí)驗(yàn)與科研條件，為學(xué)生成長提供強(qiáng)有力的保障。