東華大學生物工程系成立于2001年，2004年10月又組建了東華大學生物科學與技術研究所，2007年9月系所合并組建成新的生物工程系。生物工程系現(xiàn)有一個生物工程本科專業(yè)。該系是為適應經濟建設的需要、為培養(yǎng)具有生物、工程、紡織和生物材料等多學科交叉的復合型人才而建立的；該系融教學與科研為一體，專門培養(yǎng)從事生物工程的研究和管理復合型人才。
　　本系擁有一支年輕、高學歷、充滿活力、結構合理的教師隊伍�，F(xiàn)有教學、科研、教輔人員32人。其中正教授8名，副教授5名，博士生導師5名，碩士生導師11名，中國科學院院士1名，校特聘教授1名，來自國外著名高校兼職教授2名，來自國內著名高校顧問教授1名。全部正教授都有多年留學國外經歷，本專業(yè)100%的教師具有博士學位。本專業(yè)現(xiàn)有生物化學與分子生物學、生物化工兩個碩士點。本系目前已形成本科、碩士、博士以及博士后人才培養(yǎng)結構。目前在校本科生120人、碩士研究生65人、博士研究生11人、博士后6人。
　　本系擁有一座建筑面積為7000平方米的現(xiàn)代化教學、科研大樓，設有蛋白質工程與蛋白質材料研究組、蛋白質研究組、酶化學與緩釋材料研究組、納米生物功能材料研究組、蛋白質剪接研究組、生物材料與組織工程研究組、生物醫(yī)藥研究組、醫(yī)學分子遺傳學研究組、微生物工程與工業(yè)生物技術研究組；擁有供本科學生教學實習的大型現(xiàn)代化發(fā)酵工程實驗室、大型生物化學綜合實驗室、大型微生物學綜合實驗室；擁有一批先進的教學、科研用實驗儀器設備，儀器設備價值600多萬元。
　　生物工程系采用與國際接軌的管理和運行機制，以優(yōu)秀科學家為學科帶頭人組成教學和科研梯隊，承擔本科的教學任務、研究生的培養(yǎng)和從事科學研究活動。
　　建系五年（建所三年來）以來，先后承擔了國家“863”項目、國家自然科學基金面上項目、國家教育部重點項目、教育部留學回國人員科研啟動基金、上海市浦江人才計劃項目、上海市登山計劃項目、上海市納米專項、上海市自然科學基金項目、中英聯(lián)合項目、中瑞聯(lián)合項目以及和企業(yè)合作等多項科研項目，共獲各類科研經費800多萬元。在國內外主流期刊發(fā)表高水平的學術論文多篇。

　　本系目前與加拿大、美國、英國、新加坡、瑞典、德國等國家的有關高校及科研院所保持著密切的科研合作與學術交流；本系建有中英聯(lián)合實驗室、中瑞聯(lián)合實驗室；本系蛋白質研究組正在與加拿大Dalhousie大學教授聯(lián)合培養(yǎng)博士和碩士研究生。