中國農(nóng)業(yè)大學(xué)水利與土木工程學(xué)院的前身是1958年10月在原北京農(nóng)業(yè)機械化學(xué)院創(chuàng)建的農(nóng)田水利化系，1984年更名為北京農(nóng)業(yè)機械化學(xué)院水利與建筑工程系，1987年更名為北京農(nóng)業(yè)工程大學(xué)水利與建筑工程系，1994年撤系建院，成立北京農(nóng)業(yè)工程大學(xué)水利與土木工程學(xué)院，1995年隨著北京農(nóng)業(yè)工程大學(xué)與北京農(nóng)業(yè)大學(xué)合并為中國農(nóng)業(yè)大學(xué)，學(xué)院更名為中國農(nóng)業(yè)大學(xué)水利與土木工程學(xué)院。
學(xué)院位于中國農(nóng)業(yè)大學(xué)東校區(qū)，地處北京市海淀區(qū)學(xué)院路北口，中關(guān)村與奧林匹克公園之間。校園環(huán)境優(yōu)美，交通便利。
學(xué)院于1958年創(chuàng)立后，始終將培養(yǎng)高素質(zhì)人才作為首要目標，不斷探索符合自身特點的發(fā)展之路。1958年招收了第一屆農(nóng)田水利專業(yè)本科生，共3個班。1962至1963年，在學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)的支持下，建成了農(nóng)田水利、水工建筑物、水力學(xué)、抽水機和建筑材料實驗室，為全面提高教學(xué)、科研、生產(chǎn)實踐能力打下了良好的物質(zhì)基礎(chǔ)。1980年，學(xué)校遷回北京后，又將上述實驗室進行了全面修復(fù)和完善。
為貫徹、落實黨的“教育與生產(chǎn)勞動相結(jié)合”方針，63、64屆畢業(yè)班同學(xué)結(jié)合房山、涿州灌區(qū)工程實際進行了畢業(yè)設(shè)計，師生得到全面鍛煉，收到了預(yù)期成效。65屆畢業(yè)班沿襲了這一傳統(tǒng)，又在北京市通縣永樂店農(nóng)場進行畢業(yè)設(shè)計，為解決低洼鹽堿地的改良和農(nóng)田基本建設(shè)作出了應(yīng)有的貢獻，受到區(qū)縣和基層單位的好評。
1965年至1966年期間，受北京市市委和市政府指派，廣大教師、干部率66、67屆同學(xué)深入順義縣、密云縣的公社、生產(chǎn)大隊進行農(nóng)田基本建設(shè)和水利規(guī)劃工作，并在現(xiàn)場教學(xué)，經(jīng)大半年的實踐鍛煉，全面提高了廣大師生的政治思想水平和業(yè)務(wù)能力，并順利完成了規(guī)劃任務(wù)，受到北京市相關(guān)部門的贊許與標準。
1971年至1972年，學(xué)校遷入四川重慶后，我院(系)相關(guān)專業(yè)教師又分赴四川省忠縣、萬縣、成都、映秀和云南省昆明、大理等地進行了考察，探索教學(xué)改革思路，并籌備招生工作。1975年，學(xué)校遷入河北省邢臺市，我院(系)結(jié)合當(dāng)?shù)厣a(chǎn)實際，繼續(xù)開展人才培養(yǎng)模式探索，并于1976年恢復(fù)招生。1978年招收恢復(fù)高考后的第一屆農(nóng)田水利專業(yè)本科生。
1979年，學(xué)院遷回北京辦學(xué)，廣大教師的辦學(xué)積極性大大提高，并于當(dāng)年創(chuàng)辦我國第一個農(nóng)業(yè)建筑與環(huán)境工程本科專業(yè)，開辦水力機械本科專業(yè)。進入八十年代后，學(xué)院辦學(xué)質(zhì)量穩(wěn)步提高，科研工作逐步深入，在農(nóng)田水利、水力機械、農(nóng)業(yè)建筑環(huán)境和農(nóng)村能源等方面，學(xué)院教師深入到國民經(jīng)濟主戰(zhàn)場，特別是水機教研室所開展的微型泵產(chǎn)品，在國內(nèi)產(chǎn)生重要影響，為我國改革開放初期的農(nóng)業(yè)發(fā)展做出了貢獻。1988 年，為了滿足國家對建筑領(lǐng)域人才的重要需求，我院開辦了工業(yè)與民用建筑本科專業(yè)，從此開始了土木工程領(lǐng)域的人才培養(yǎng)和科學(xué)研究工作。
進入1990年后，我院在農(nóng)業(yè)生物環(huán)境領(lǐng)域的影響不斷擴大，研制的濕簾風(fēng)機降溫系統(tǒng)得到廣泛應(yīng)用，為國內(nèi)設(shè)施農(nóng)業(yè)領(lǐng)域的發(fā)展與狀大作出了重要貢獻。農(nóng)業(yè)部在我院批準建立了農(nóng)業(yè)部農(nóng)業(yè)生物環(huán)境工程重點開放實驗室。同時，我院為國家水利發(fā)展獻計獻策，特別是針對北京市水利發(fā)展戰(zhàn)略提出的若干有影響的方法和技術(shù)，被北京水利局采納，我院在北京市、乃至全國水利系統(tǒng)的影響逐漸擴大。在這個時期，學(xué)院建立了富通環(huán)境工程公司和先飛農(nóng)業(yè)工程公司兩個開發(fā)實體，以促進科研成果向生產(chǎn)力的轉(zhuǎn)化。
2000年，針對國家水利水電快速發(fā)展的形勢，開辦了水利水電工程專業(yè)。從而，建立起了比較完善的本科人才培養(yǎng)格局。同時，學(xué)院在以農(nóng)業(yè)節(jié)水為核心的農(nóng)田水利領(lǐng)域，不斷開展深入的科研工作，產(chǎn)生了一批節(jié)水灌溉新成果。
2002年，學(xué)院科研實驗大樓建成，樓內(nèi)設(shè)有農(nóng)業(yè)水土工程、農(nóng)業(yè)生物環(huán)境工程、農(nóng)村能源工程、土木工程、水力機械等領(lǐng)域的實驗室。在校外，先后建立了北京通州灌溉試驗站、河北望都教學(xué)科研基地、內(nèi)蒙古巴彥淖爾市產(chǎn)學(xué)研基地、甘肅石洋河流域農(nóng)業(yè)與生態(tài)節(jié)水試驗站等教學(xué)科研基地，在北京延慶等地建立了五個學(xué)生實習(xí)基地。流體力學(xué)實驗室和土木工程基礎(chǔ)實驗室被北京市教委評為北京市高校合格實驗室。
最近幾年，學(xué)院將工作重點轉(zhuǎn)入以學(xué)科建設(shè)為主，所承擔(dān)的國家級科研項目不斷增多，專利、論文等科研成果不斷增加，研究生培養(yǎng)規(guī)模和質(zhì)量不斷提高。經(jīng)過兩次研究生學(xué)科申報，我院研究生學(xué)科數(shù)量增加，培養(yǎng)體系更加完善，結(jié)構(gòu)更加合理。農(nóng)業(yè)生物環(huán)境與能源工程學(xué)科和農(nóng)業(yè)水土工程學(xué)科成為國家重點學(xué)科，水文學(xué)及水資源學(xué)科成為北京市重點學(xué)科。經(jīng)教育部批準，成立了農(nóng)業(yè)節(jié)水與水資源教育部工程研究中心。經(jīng)農(nóng)業(yè)部批準，成立了農(nóng)業(yè)部沼氣產(chǎn)品及設(shè)備質(zhì)量監(jiān)督檢驗測試中心—華北工作站。經(jīng)學(xué)校批準，中國-以色列國際農(nóng)業(yè)培訓(xùn)中心在行政上并入水院，成立了跨學(xué)院的中國農(nóng)業(yè)水問題研究中心。
目前，學(xué)院設(shè)水利工程系、農(nóng)業(yè)建筑與環(huán)境工程系、流體機械與流體工程系、土木工程系等4個系，設(shè)農(nóng)業(yè)水利工程、農(nóng)業(yè)建筑環(huán)境與能源工程、熱能與動力工程、土木工程、水利水電工程等5個本科專業(yè)，設(shè)農(nóng)業(yè)生物環(huán)境與能源工程、農(nóng)業(yè)水土工程、水文學(xué)及水資源、水土保持與荒漠化防治、結(jié)構(gòu)工程、流體機械及工程、水利工程、城市規(guī)劃與設(shè)計、動力工程與工程熱物理、土木工程等10個碩士學(xué)位點，設(shè)農(nóng)業(yè)生物環(huán)境與能源工程、農(nóng)業(yè)水土工程、水文學(xué)及水資源、水土保持與荒漠化防治、水動力學(xué)與水力機械、水利工程等6個博士學(xué)位點。學(xué)院建立了從本科生、碩士生(包括專業(yè)學(xué)位)、博士生、留學(xué)生在內(nèi)的完整的人才培養(yǎng)體系。
學(xué)院創(chuàng)辦50年來，為國家培養(yǎng)各類人才6000余名。目前學(xué)院在冊學(xué)生總數(shù)為1512人，其中本科生1229人，碩士生195人，博士生和留學(xué)生88人。
學(xué)院現(xiàn)有教職工93人，其中包括長江學(xué)者特聘教授1人、教授23人、副教授41人，70%以上的教師具有博士學(xué)位，正副教授占專職教師總數(shù)的80%�，F(xiàn)有研究生導(dǎo)師(含外聘)85人，其中博士生導(dǎo)師29人。
學(xué)院的科研領(lǐng)域涉及農(nóng)業(yè)節(jié)水理論與技術(shù)、水資源與水環(huán)境、水土保持、水泵與水輪機、流體力學(xué)、農(nóng)業(yè)生物環(huán)境、城鎮(zhèn)規(guī)劃、農(nóng)村能源工程、土木建筑等，參與了包括長江三峽工程、南水北調(diào)工程、國家體育場鳥巢工程在內(nèi)的多項國家重點工程項目的研究與設(shè)計工作。學(xué)院共承擔(dān)了包括973、863、國家自然科學(xué)基金在內(nèi)的科學(xué)研究項目數(shù)百項，取得的多項成果居國內(nèi)外領(lǐng)先水平，獲得國家及省部級獎勵近百項。 2007年，科研經(jīng)費達到2200萬元，發(fā)表有影響的學(xué)術(shù)論文200余篇，其中SCI、EI檢索論文數(shù)量達到100篇，獲得國家科技進步獎和省部級獎勵5 項。
學(xué)院與許多國內(nèi)外知名研究院所、企業(yè)和專家建立了良好的合作與交流關(guān)系，數(shù)十位國內(nèi)外著名科學(xué)家被聘為我院講座教授或客座教授，多家跨國灌溉公司在學(xué)院設(shè)有獎學(xué)金和獎教金，每年數(shù)十次接待國內(nèi)外知名學(xué)者來校進行學(xué)術(shù)交流，學(xué)院半數(shù)以上教師曾在國外學(xué)習(xí)或工作過。
作為211工程和985工程建設(shè)的國家重點大學(xué)，中國農(nóng)業(yè)大學(xué)正向世界一流農(nóng)業(yè)大學(xué)的目標邁進;水利與土木工程學(xué)院至今已走過50年的光輝歷程，正以嶄新姿態(tài)跨入新的快速發(fā)展時期。