蛋白質(zhì)序列的數(shù)學(xué)描述及其應(yīng)用提綱

    論文摘要: 蛋白質(zhì)是由20個(gè)氨基酸殘基組成的大分子,一個(gè)蛋白質(zhì)序列可以看作是在20個(gè)氨基酸的字母表Ω上的字符串,即Ω={A,C,D,E,F,G,H,I,K,L,M,N,P,（略）T,V,W,Y}.因?yàn)榈鞍踪|(zhì)序列中氨（略）在蛋白質(zhì)折疊為空間結(jié)構(gòu)時(shí)起重要作用,進(jìn)而最終決定它的功能,所以對(duì)蛋白質(zhì)序列進(jìn)行深層次的分析是一個(gè)重要且有意義的工作. 近幾年,一些研究者將DNA序列的圖形表示擴(kuò)充到蛋白質(zhì)序列的分析中,提出了蛋白質(zhì)序列圖形表示.然而DNA序列僅有4個(gè)堿基組成,要把DNA序列的圖形表示應(yīng)用到蛋白質(zhì)序列上,需要考慮20個(gè)氨基酸按照（略）進(jìn)行排列.目前主要有兩種蛋白質(zhì)序列的圖形表示,一種是忽（略）中的個(gè)體差異,將原來20種氨基酸分為4類或5類,這樣就把蛋白質(zhì)序列簡化成一個(gè)4個(gè)或5個(gè)字符序列,從而減少可能的排列數(shù).另外一種是忽略所有氨基酸之間的異同,直接根據(jù)氨基酸的字典序進(jìn)行排列. 我們首次提出氨基酸的循環(huán)排序概念,即把氨基酸按照某種規(guī)律排列成一個(gè)首尾相連的環(huán).在本文中基于氨基酸的理化性質(zhì)分類、PAM250替換矩陣、6（略）y編碼等,我們給出了幾種不同的氨基酸循環(huán)排序.利用C...
    There are 20 amino acids that make up the standard chemical alphabet used to build p（omitted）hus, a protei（omitted） is a string ov（omitted）habetΩwith the 20 amino acids, thereΩ={A,C,D,E,F,G,H,I,K,L,M,N,P,Q（omitted）,Y }. In molecular biology, the 3D structure of a protein is determined by the in（omitted）quence of amino acids that makes up the protein. So, the analysis of the protein sequences is an important and interesting work in bioinformatics. In recent years, some researchers generali...
目錄:摘要 第4-5頁
Abstract 第5-6頁
第1章 緒論 第9-20頁
　　·生物信息學(xué)的研究背景和問題 第9-10頁
　　·生物序列圖形表示的研究概況 第10-18頁
　　　　·DNA 序列的圖形表示 第11-12頁
　　　　·蛋白質(zhì)序列的圖形表示 第12-18頁
　　·本文的主要工作 第18-20頁
第2章 蛋白質(zhì)序列的圖形表示 第20-38頁
　　·蛋白質(zhì)序列的2 維圖形表示 第21-30頁
　　　　·基于氨基酸理化性質(zhì)分類的2維圖形表示 第21-29頁
　　　　·基于PAM250 矩陣的循環(huán)排序 第29-30頁
　　·蛋白質(zhì)序列的3 維空間表示 第30-37頁
　　　　·基于氨基酸的字典序得到的3維空間表示 第30-32頁
　　　　·基于 6 階反射 Gray 編碼得到的 3 維空間表示 第32-37頁
　　·小結(jié) 第37-38頁
第3章 蛋白質(zhì)序列的數(shù)值特征及其相似性分析 第38-49頁
　　·數(shù)值刻畫方法 第38-39頁
　　·數(shù)值刻畫方法以及相似性分析 第39-47頁
　　　　·矩陣特征值集 第39-41頁
　　　　·一階類中心矩 第41-43頁
　　　　·矩陣最大特征值 第43-45頁
　　　　·圖形比對(duì) 第45-47頁
　　·小結(jié) 第47-49頁
第4章 進(jìn)化樹的構(gòu)建 第49-73頁
　　·構(gòu)建進(jìn)化樹的步驟 第49-50頁
　　·構(gòu)建進(jìn)化樹工具 第50頁
　　·構(gòu)建進(jìn)化樹 第50-73頁
　　　　·個(gè)物種的線粒體 NADH 脫氫酶的進(jìn)化樹 第51-53頁
　　　　·種冠狀病毒 spike 蛋白的進(jìn)化分析 第53-64頁
　　　　·種流感病毒 RNA 聚合酶 PB1 的進(jìn)化分析 第64-72頁
　　　　·小結(jié) 第72-73頁
參考文獻(xiàn) 第73-78頁
致謝 第78-79頁
攻讀碩士學(xué)位期間的研究成果 第79頁

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