蛋白質(zhì)分子表面構(gòu)建與靜電勢(shì)分析提綱

    論文摘要: 蛋白質(zhì)是生命的物質(zhì)基礎(chǔ),研究蛋白質(zhì)分子具有重要的意義.這主要體現(xiàn)在:首先,蛋白質(zhì)是細(xì)胞中的主要功能分子,大多數(shù)的生命功能都需要蛋白質(zhì)來(lái)調(diào)控.（略）也是細(xì)胞中含量最為豐富的分子之一.因此,蛋白質(zhì)分子的功能和結(jié)構(gòu)的研究一直是生命科學(xué)研究的熱點(diǎn).蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)決定其功能.特別的,分子表（略）結(jié)構(gòu)對(duì)功能影響極大.另外,在研究蛋白質(zhì)分子時(shí),分析靜電勢(shì)場(chǎng)是一個(gè)主要的手段.本文從上述兩個(gè)方面對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行分析（略）前人構(gòu)建的蛋白質(zhì)分子表面原子拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)SASG的基礎(chǔ)上,本文提出了表面原子圖SAG的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)和相關(guān)算法,通過(guò)構(gòu)建SAG并且搜索SAG的表面原子連通子圖,找到真正的表面原子,去掉了由于SASG計(jì)算所包含的一些多余的原子.在提�。�略）礎(chǔ)上,構(gòu)建了蛋白質(zhì)分子的溶劑外部曲面(Solvent Excluded Surface, SES),結(jié)果表明用新的方法構(gòu)建的SES更符合其定義.另外,我們把提取的表面原子還應(yīng)用到搜索蛋白質(zhì)分（略）問(wèn)題的研究中,結(jié)果表明本文的方法是高效而且是有意義的. 本文還詳細(xì)的敘述了在研究結(jié)合態(tài)配體小分子的芳香環(huán)靜電勢(shì)能的發(fā)現(xiàn).通過(guò)分析大量的已知復(fù)合物結(jié)構(gòu),我們發(fā)現(xiàn)芳香...
    Protein plays a very crucial role i（omitted） studying pro（omitted）ular is important. First, proteins are the main functions of （omitted）ecules, most of the biological functions are regulated by protein molecular. Second, protein molecular is one of most abundant elements in cell. So the study of protein m（omitted）unctions and structure is one hot problem of life science. Protein molecular func（omitted）nd on its structure, especially, the surface atoms plays a very important role in its functions. In ad...
目錄:摘要 第5-6頁(yè)
Abstract 第6頁(yè)
第1章 緒論 第9-18頁(yè)
　　·蛋白質(zhì)分子三維幾何結(jié)構(gòu) 第9-13頁(yè)
　　　　·蛋白質(zhì)分子四級(jí)結(jié)構(gòu) 第9-10頁(yè)
　　　　·蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)獲取方法 第10-11頁(yè)
　　　　·蛋白質(zhì)分子三維結(jié)構(gòu)表示方法 第11-13頁(yè)
　　　　·蛋白質(zhì)分子數(shù)據(jù)庫(kù) 第13頁(yè)
　　·蛋白質(zhì)分子的靜電勢(shì) 第13-17頁(yè)
　　　　·靜電勢(shì)和靜電勢(shì)能的定義 第14-15頁(yè)
　　　　·蛋白質(zhì)分子靜電勢(shì)的計(jì)算 第15-17頁(yè)
　　·本文的主要工作 第17頁(yè)
　　·本文的章節(jié)安排 第17-18頁(yè)
第2章 蛋白質(zhì)分子表面原子的提取及應(yīng)用 第18-38頁(yè)
　　·引言 第18頁(yè)
　　·蛋白質(zhì)分子表面原子的定義和拓?fù)浣Y(jié)構(gòu) 第18-21頁(yè)
　　　　·蛋白質(zhì)分子表面的定義 第18-19頁(yè)
　　　　·蛋白質(zhì)分子表面原子的定義 第19頁(yè)
　　　　·拓?fù)浣Y(jié)構(gòu) 第19-21頁(yè)
　　·蛋白質(zhì)分子表面原子圖(SAG-surface atoms graphic) 第21-25頁(yè)
　　　　·分子表面原子圖SAG的定義 第21-22頁(yè)
　　　　·分子表面原子圖SAG的構(gòu)建 第22-24頁(yè)
　　　　·分子表面原子圖SAG的搜索 第24-25頁(yè)
　　·分子內(nèi)空腔例子的展示 第25-27頁(yè)
　　·實(shí)驗(yàn)結(jié)果 第27-28頁(yè)
　　·表面原子在構(gòu)建分子表面中的應(yīng)用 第28-29頁(yè)
　　·表面原子在分子靜電勢(shì)場(chǎng)分析中的應(yīng)用 第29-30頁(yè)
　　·表面原子在蛋白質(zhì)對(duì)生物材料表面吸附中的應(yīng)用 第30-37頁(yè)
　　　　·馬爾科夫鏈Monte Carlo(MCMC)簡(jiǎn)介 第31-34頁(yè)
　　　　·搜索蛋白質(zhì)分子吸附取向的方法 第34-35頁(yè)
　　　　·蛋白質(zhì)分子吸附取向的實(shí)驗(yàn)結(jié)果 第35-37頁(yè)
　　　　·討論 第37頁(yè)
　　·本章小結(jié) 第37-38頁(yè)
第3章 蛋白質(zhì)分子結(jié)合位點(diǎn)靜電勢(shì)特征分析 第38-56頁(yè)
　　·引言 第38頁(yè)
　　·靜電勢(shì)的應(yīng)用 第38-40頁(yè)
　　·本文方法 第40-43頁(yè)
　　·實(shí)驗(yàn)結(jié)果 第43-54頁(yè)
　　　　·例子展示 第44-52頁(yè)
　　　　·protein-DNA實(shí)驗(yàn)結(jié)果 第52-54頁(yè)
　　·討論 第54-55頁(yè)
　　·本章小結(jié) 第55-56頁(yè)
第4章 總結(jié)與展望 第56-58頁(yè)
　　·總結(jié) 第56-57頁(yè)
　　·展望 第57-58頁(yè)
參考文獻(xiàn) 第58-62頁(yè)
致謝 第62頁(yè)

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